对于肾结石，根据结石的大小，可选择不同的治疗方案，当然，对于无症状的肾结石可暂不予处理。
一、药物治疗
结石直径<0.6cm、表面光滑、结石以下尿路无梗阻时可采用药物排石治疗。纯尿酸结石及胱氨酸结石可采用药物溶石治疗，如尿酸结石用枸橼酸氢钾钠、碳酸氢钠碱化尿液；胱氨酸结石需要碱化尿液，摄入大量液体。卡托普利有预防胱氨酸结石形成的作用。在药物治疗过程中，需要大量饮水，以增加尿量，促进结石排出。
二、碎石、取石治疗：
1.体外冲击波碎石：适用于直径小于等于2cm的肾结石。碎石后多数病人出现一过性肉眼血尿，一般不需特殊处理。碎石排出过程中，由于结石碎片或颗粒排出可引起肾绞痛；若碎石过多地积聚于输尿管内，可引起“石街”，病人腰痛或不适，可合并继发感染。
2.经皮肾镜碎石取石术：在超声或X线定位下，经腰背部细针穿刺直达肾盏或肾盂，扩张并建立皮肤至肾内的通道，在肾镜下取石或碎石。适用于所有需开放手术干预的肾结石，包括完全性和不完全性鹿角结石、大于等于2cm的肾结石、有症状的肾盏或憩室内结石、体外冲击波难以粉碎或碎石失败的结石。
3.经尿道输尿管镜碎石、取石术：经尿道插入输尿管镜，在膀胱内找到输尿管口，在安全导丝引导下进入输尿管，直视下找到结石，用套石篮、取石钳将结石取出，若结石较大，可采用超声、激光、气压弹道等方法碎石。输尿管软镜主要适用于肾结石(<2cm)的治疗。
4.腹腔镜下肾盂切开取石术：适用于肾盂结石>2cm，或者体外碎石失败者，一般不做首选。
5.开放手术：主要术式有肾盂切开取石、肾实质切开取石、肾部分切除术、肾切除术等，已很少用。
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